Til slutt var han 14 sekunder raskere enn Stefan Bissegger (EF Education-Nippo), på den flate tempoetappen.
Det er den åttende individuelle tempoen på rad hvor italieneren har stilt til start, som han har vunnet.
Danske Mikkel Bjerg (UAE Team Emirates) ble nummer tre.
Pogacar festet grepet i sammendraget
På den første etappen ble det frenetisk kjøring i sidevinden, og en gruppe på knapt 30 ryttere rev seg løs etter 60 kilometer.
I gruppen var det bare Tadej Pogacar (UAE Team Emirates), Joao Almeida (Deceuninck - Quick-Step) og Adam Yates (Ineos Grenadiers) som satt, og dermed står kampen om sammenlagtseieren høyst sannsynlig mellom de to, slik det også gjorde i fjor.
Etter dagens tempo festet imidlertid Pogacar et godt grep om ledertrøyen. Fjorårets Tour de France-vinner ble nummer fire på tempoen, kun 24 sekunder bak Ganna.
Yates tapte 58 sekunder til etappevinneren, og er nå 39 sekunder bak Pogacar i sammendraget.
Almeida lå ett sekunder foran Pogacar foran dagens etappe, men klarte å begrense tapet sitt til seks sekunder. Dermed har han bare fem sekunder opp og er fremdeles på skuddhold.
Kampen om sammendraget skal trolig avgjøres på den tredje og femte etappen. Tirsdag, på den tredje etappen, venter den tradisjonelle Jebel Hafeet. Klatringen er 10,6 kilometer lang med 6,8 prosent i snitt.
Deretter venter Jebel Jais på den femte etappen. Klatringen ble også brukt i 2019-utgaven av rittet. Da gikk Primoz Roglic seirende ut. Klatringen er 21,5 kilometer lang med 5,4 prosent i snitt.
